Linhas de Pesquisa

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LINHAS DE PESQUISA 

 

Subprojeto 1: Avaliação das características da biomassa – polissacarídeos de parede celular, lignina, fenilpropanóides, nanoestrutura e sacarificação de parede celular    

 

Pesquisadores envolvidos: Marcos S. Buckeridge, Igor Polikarpov, Marco A. S. Tiné, Wanderley D. dos  Santos, Carlos E. Driemeier, Carlos A. Bragança Pereira, Adriano Polpo de Campo

 

A  resistência  da  parede celular representa a  principal  barreira para  a  produção  de biocombustíveis  de  segunda geração. A  desconstrução  do material  lignocelulósico pode  fornecer açúcares para a produção de combustíveis através da  fermentação ou para transformação em outros  produtos  industriais.  Talvez  o  maior obstáculo  para  a  concretização do  potencial de lignocelulose como  matéria -prima industrial resida  na  sua recalcitrância (resistência) à  hidrólise.  Portanto,  o  aumento  da  eficiência  e rendimento  de sacarificação de  parede  celular vegetal  é  o  principal desafio  técnico que  deve ser superado antes que tecnologias de etanol de segunda geração possam ser implementadas nas biorrefinarias modernas. 

A  compreensão  da base  bioquímica da recalcitrância da  parede  celular à hidrólise é o único  caminho  racional  para  desenvolver  as formas  mais  eficazes e  eficientes  de  produção de  açúcares  a  partir de biomassa lignocelulósica. O primeiro passo para entender a recalcitrância da parede celular é  compreender sua composição e arquitetura. 

Neste contexto, o objetivo do subprojeto 1 do INCT do Bioetanol é entender como as diferentes  composições e arranjos da parede celular, considerando os aspectos relacionados aos polissacarídeos,  lignina, fenilpropanóides e nanoestrutura, interferem na sacarificação da biomassa da cana -de -açúcar.  



Subprojeto 2: Desenvolvimento de um consórcio enzimático eficiente para a degradação da biomassa de cana-de-açúcar 

 

Pesquisadores  envolvidos: Edivaldo  Ximenes  F.  Filho,  Maria  de  Lourdes  T.M.  Polizeli,  Igor  Polikarpov,  Richard J. Ward, Fabio M. Squina, Wanderley D. dos Santos, Carlos A. Bragança Pereira, Adriano Polpo de  Campos 

 

A degradação da parede celular (material lignocelulósico) é um pré-requisito essencial para a  utilização  da  biomassa  vegetal  em  biorrefinarias e  na  produção  de  etanol  de  segunda  geração.  No  entanto, o problema do aproveitamento dessa biomassa  reside na dificuldade de um processamento  economicamente  viável,  uma  vez  que  o custo das  enzimas  para a conversão da biomassa em açúcares fermentáveis é um impedimento para o desenvolvimento  da  indústria  de  biocombustíveis.  Dessa  forma,  o  uso  de enzimas  em  processos  industriais  requer:  (i)  compreensão  da  ação  das  enzimas  hidrolíticas  nos  substratos  lignocelulósicos  e  (ii)  inovação  tecnológica  para  melhorar  o  desempenho  catalítico  das  enzimas.  

Pesquisas envolvendo a otimização de enzimas com o objetivo de reduzir o custo da conversão  da  biomassa  propõem  diferentes  estratégias,  incluindo  "bioprospecção"  das  enzimas-chave,  engenharia de proteínas,  superprodução de enzimas em plantas, entre  outras. Uma atenção especial  deve ser dada para o desenvolvimento de misturas enzimáticas, a  fim de se determinar quais são os  catalisadores  enzimáticos importantes  e  qual  a  sequência  e  proporções  adequadas  da  adição  destas  misturas à biomassa para que se obtenha a perfeita desconstrução da arquitetura da parede celular. Estudos anteriores do INCT do Bioetanol mostraram que um coquetel enzimático eficiente demandaria de uma grande variedade de enzimas diferentes. Se o coquetel enzimático usado atualmente já tem um custo elevado, simplesmente colocar mais enzimas dentro dele deixaria a produção inviável. 

Neste  contexto,  o  objetivo  do  subprojeto  2 do  INCT  do  Bioetanol  é  utilizar  as  informações  disponíveis para desenvolver consórcios enzimáticos com alta eficiência para a degradação da parede  celular  de  cana-de-açúcar.  Neste  processo  iremos  mapear  a  acessibilidade  de  paredes  celulares  de  diferentes  materiais  de  cana (provenientes  da  triagem  realizada  no  subprojeto  1),  definindo  quais  enzimas são essenciais e secundárias para esta bioconversão. Com isso pretendemos obter um melhor  entendimento  compreensão  dos  modos  e  mecanismo  de atuação  das  enzimas  na  degradação  da biomassa de cana. 

 

Subprojeto  3: Melhoramento molecular da cana-de-açúcar para produção de bioetanol de segunda geração 

 

Pesquisadores envolvidos: Anete P. Souza, Antonio Augusto F. Garcia, Monalisa S. Carneiro, Hermann P.  Hoffmann, Rodrigo Gazaffi, Marcos G.A. Landell, Mauro Xavier,  Silvana Creste,  Luciana A. Carlini`Garcia,  Luciana R. Pinto  

 

O  melhoramento  genético  da  cana -de -açúcar,  aliado  a  melhorias  em  técnicas  fitotécnicas  e  industriais, é um dos principais responsáveis pelo sucesso desta cultura no Brasil. A partir da criação  de programas de melhoramento com base científica nos anos 70, os ganhos de produtividade têm sido  constantes e permitido o desenvolvimento de atividades relacionadas a esta cultura. 

Apesar  deste  sucesso  e  contínuo  progresso,  um  problema  enfrentado  pelos  programas  de  melhoramento  genético  é  o  longo  tempo  necessário  para  liberação  de  novos  cultivares.  Apesar  de  haver diferenças entre as abordagens usadas pelos programas, este tempo é de cerca de 12 a 15 anos,  e tem se mantido constante ao longo dos anos. Isto se  deve  a  diversos  fatores,  dentre  os  quais  podem  ser  incluídos:  (i)  dificuldade  em  usar  métodos  científicos  para  realizar  predições  de  cruzamentos;  (ii)  falta  de  estudos  genéticos  sobre  diversos  aspectos  importantes  para  a  cultura,  o  que  permitiria  desenvolvimento  de  novos  métodos  de  melhoramento para explorar adequadamente a base genética dos caracteres de interesse; (iii) falta de  conhecimento  detalhado  sobre  o  germoplasma  disponível;  (iv)  necessidade  de  avaliações  em  diferentes ambientes para entender o comportamento da interação entre genótipos e ambientes; (v)  necessidade  de  avaliação  de  diversas  colheitas.  Especificamente  para  os  três  primeiros  itens,  isto  ocorre dada a complexa natureza poliploide desta espécie, que possui nível alto e variável de ploidia  no genoma, dificultando sobremaneira a realização de diversos estudos genéticos.  

Outro ponto relacionado ao melhoramento genético e que tem estreita relação com a presente  proposta, refere -se à recente necessidade de alteração nos caracteres que devem ser selecionados nos programas de melhoramento. Historicamente, e devido às necessidades técnicas e econômicas, o foco  de  seleção  tem  sido  em  aumento  do  teor  de  sacarose  (para  produção  de  açúcar  e  álcool),  produtividade e resistência a doenças. Apenas recentemente alguma ênfase ao teor de  fibra tem sido  dada.  Contudo,  esta  não  é  a  única  característica  que  necessita  ser  avaliada.  De  acordo  com  estudos  recentes,  características  relacionadas  à  composição  da  parede  celular  podem  interferir  significativamente  na  hidrólise  para  a  obtenção  de  etanol  de  segunda  geração. No entanto, fenótipos associados aos componentes da parede celular são desconhecidos, pois  até o momento não existe definição do que deve ser avaliado durante as etapas do melhoramento. Este  fato não permite que os programas de melhoramento respondam adequadamente às novas demandas  para  lançamento  de  cultivares  adaptados  para  a  produção  de  bioetanol de  segunda  geração.  O  problema é ainda agravado pelo fato do germoplasma usado rotineiramente para o melhoramento não  ter  sido  selecionado  para  características  importantes  no  atual  cenário.  Por  este  motivo,  muito  da  variabilidade genética relacionada às características de interesse para o bioetanol de segunda geração  pode não estar disponível, sendo necessário recorrer aos bancos de germoplasma para avaliar novas  características, aumentando ainda mais o tempo requerido para produzir novos cultivares.  

O  melhoramento  molecular,  que  hoje  é  uma  realidade  nos  principais  programas  de  melhoramento de culturas agrícolas no mundo, pode acelerar o processo de melhoramento vegetal. A  partir de informações de marcadores moleculares é possível  fazer predição de cruzamentos, efetuar  retrocruzamentos assistidos  (de  forma a  transferir  rapidamente  características entre genótipos  sem  alterar  significativamente  seu  genoma),  realizar  seleção  assistida,  efetuar  seleção  precoce,  avaliar coleções  de germoplasma e, mais  recentemente,  fazer  seleção genômica.  Durante a primeira fase do INCT do Bioetanol, já foram obtidos vários progressos nessa área, mas ainda falta muita coisa até a obtenção de uma cana ideal para a produção do Etanol de Segunda Geração

No intuito de mudar o cenário atual  e torná -lo muito mais favorável à produção de bioetanol  de  segunda  geração,  o  principal  objetivo  do  subprojeto  3  é  incorporar  informações  genômicas  e  moleculares  relacionadas a características da parede celular essenciais para  o aumento da hidrólise,  em  dois  programas  públicos  de  melhoramento  de  cana-de-açúcar  de  comprovada  relevância  no  cenário nacional.  



Subprojeto 4: Engenharia de parede celular de cana-de-açúcar 

 Pesquisadores envolvidos: Helaine Carrer, Glaucia M. Souza, Monalisa S. Carneiro, Eny I.S. Floh, Marcos S.  Buckeridge      

                           

A melhoria da qualidade da biomassa da cana-de-açúcar para produção de etanol celulósico e  para o aproveitamento completo da biomassa com a produção de vários co-produtos na usina requer a  análise  de  diferentes  aspectos  da  sua  composição  e  estrutura.  Além  da  avaliação  das  características  físico-químicas  da  biomassa,  também  se  faz  necessário  identificar  os  mecanismos  moleculares  que  determinam tais características se pensarmos em melhorá -la para diversos fins. Para tanto, é possível  a  utilização  de  abordagens  de  melhoramento  genético,  tanto  clássico  (como  as  abordadas  no  subprojeto 3)  como  transformação  genética,  com  a  modificação  de  genes  ou  o  uso  de  marcadores  moleculares associados às características de interesse. Técnicas de  transformação genética e cultura  de  tecidos,  e  sua  integração  com  programas  de  melhoramento  têm  sido  fundamentais  na  uniformização da matéria -prima, na redução de tempo nos programas de melhoramento genético e na  conservação  e  propagação  de germoplasma  de  alto  valor  genético.  Além  disso,  a  transformação  genética  de  cana -de -açúcar  oferece  a  possibilidade  de  investigar  funcionalmente genes de interesse. A alteração genética pode ser obtida por meio da superexpressão  ou silenciamento gênico, que pode ocorrer em nível transcricional ou pós -transcricional. O uso desta  técnica  está  necessariamente  acoplada  a  protocolos  eficientes  de  regeneração  in  vitro a  partir  da  cultura de células e/ou tecidos (Cidade et al. 2006). Nesse sentido, ao longo dos últimos anos e dentro  do  projeto  INCT,  a  Dra.  Helaine  Carrer,  tem  trabalhado  em  desenvolver  protocolos  eficientes  de  transformação, viabilizando a utilização desta técnica para estudos de aprofundamento e também para  aplicação em biotecnologia. 

A  utilização  de  transgênicos  que  superexpressem  ou  silenciem genes  da  via  de  síntese e/ou  degradação da parede celular, bem como a alteração na expressão de seus promotores, podem levar à modificações  na  composição  e/ou  arquitetura  da  parede. Por  sua  vez,  essas  modificações  podem  resultar em um aumento da acessibilidade a coquetéis enzimáticos, reduzindo a necessidade de pré - tratamentos  físicos e químicos, tornando o processo de produção de etanol de segunda geração mais  eficiente e barato. 

Estudos  recentes  provenientes  do  grupo  do  Dr.  Marcos  S.  Buckeridge,  têm  proposto que  o  processo natural de degradação da parede celular em plantas segue uma ordem e é desencadeado por  processos de separação celular, expansão celular e posterior degradação. Além  disso, para ter acesso à hidrólise completa dos polissacarídeos de parede é necessário que as enzimas  de degradação atuem de forma complexa nos principais aspectos limitantes da arquitetura da parede celular. No  sentido  de  desvendar  quais  genes  e  enzimas  participam  desses  mecanismos  de  hidrólise  natural  de  parede,  o  grupo  do  Dr.  Marcos  S.  Buckeridge  vem  produzindo  dados sobre os padrões de transcritos, proteínas e atividades enzimáticas em eventos de formação de  aerênquima, uma das formas naturais de degradação de parede celular que ocorre nas raízes de cana.  Os resultados obtidos até o momento indicam a presença de transcritos e proteínas da grande maioria  das enzimas anteriormente previstas como base para um bom coquetel enzimático  para a hidrólise completa  da parede celular de cana-de-açúcar. Ainda, os padrões de expressão dos genes apresentaram variação  compatível  com  os eventos  de  modificação  da  parede  celular  observados  durante  a  formação  do  aerênquima  em  cana.  Paralelamente,  o  grupo  da  Dra.  Glaucia  M.  Souza,  tem  estudado  genes envolvidos na estrutura e metabolismo de parede em variedades contrastantes para produção  de  sacarose  e  de  fibra,  e  ancestrais  de  cana-de-açúcar,  sendo  capaz  de  correlacionar  o  perfil  transcricional  obtido  com  algumas  características  da  parede.  Em  conjunto,  os  grupos  do  Dr.  Marcos  S.  Buckeridge  e  Dra.  Glaucia  M.  Souza  possuem  resultados  sobre  o  metabolismo  de  parede  celular  que  possibilitam  a  identificação  de  genes  promissores  para  a  modificação  da  arquitetura  da  parede,  no  sentido  se  torná-la  mais  acessível  à  hidrólise.  Além  disso,  a  modificação  na  expressão  de  genes  relacionados  à  parede  permitirão  um  aprofundamento  sobre  o  controle  das  enzimas  de  hidrólise,  uma  vez  que  o  perfil de  expressão  dos  fatores de transcrição relacionados ao processo de hidrólise também poderão ser alterados.  

Dessa forma, o principal objetivo deste subprojeto é produzir plantas transgênicas de cana-de-açúcar  com  a  alteração  de  genes  relacionados  com  o  metabolismo  de  parede  celular.  Com  estas  plantas,  será  possível  avaliar  os  efeitos  das modificações  no  potencial  de  sacarificação  de  biomassa.  Ainda, estas modificações na parede permitirão compreender com maior profundidade os mecanismos  de controle de enzimas relacionas com hidrólise da parede.